Йод инактивируется тиосульфатом натрия. Содержащийся в составе препарата йод окисляет металлы, что может приводить к порче металлических предметов.
Фармацевтически несовместим с эфирными маслами, растворами аммиака.
Щелочная или кислая среда, присутствие жира, гноя, крови ослабляют антисептическую активность.
В случае применения спрея Люголь внутрь, может понижаться действие лекарств, подавляющих функцию щитовидной железы, а также могут изменяться показатели функции щитовидной железы.
Препараты йода могут усиливать раздражающее действие некоторых препаратов (например, ацетилсалициловой кислоты) на слизистые оболочки желудочно-кишечного тракта.