Местное антисептическое средство с преимущественно бактерицидным действием в отношении грамположительных и грамотрицательных бактерий, оказывает фунгицидное и вирулицидное действие (в отношении липофильных вирусов). Активен в отношении простейших, грамположительных и грамотрицательных бактерий, вирусов, в том числе Treponema pallidum, Chlamydia spp., Ureaplasma spp., Neisseria gonorrhoeae, Trichomonas vaginalis, Gardnerella vaginalis, Bacteroides fragilis, Herpes simplex 2 типа.
К препарату слабочувствительны некоторые штаммы Pseudomonas spp., Proteus spp., а также устойчивы кислотоустойчивые формы бактерий, споры бактерий.
Хлоргексидин не нарушает функциональную активность лактобактерий.
Сохраняет активность (хотя и несколько пониженную) в присутствии крови, гноя.