Хлоргексидин является антисептическим препаратом для местного применения, активен в отношении простейших, грамположительных и грамотрицательных бактерий, вирусов, в том числе Treponema pallidum, Chlamydia spp., Ureaplasma spp., Neisseria gonorrhoeae, Trichomonas vaginalis, Gardnerella vaginalis, Bacteroides fragilis, Herpes simplex virus 2 типа. К препарату слабочувствительны некоторые штаммы Pseudomonas spp., Proteus spp., а также устойчивы кислотоустойчивые формы бактерий, споры бактерий, грибы.
Хлоргексидин не нарушает функциональную активность лактобактерий. Сохраняет активность, хотя и несколько пониженную, в присутствии крови, гноя и других биологических жидкостей.