С целью промывания мочевого пузыря используется 0,02 % раствор 1 раз в сутки, по 300-400 мл на одну процедуру.
С целью обработки ран и ожогов применяется 0,05 % водный раствор, пораженная поверхность промывается этим раствором, затем накладывается салфетка, пропитанная хлоргексидином, после чего фиксируется пластырем или повязкой.
Для обработки операционного поля используется 20 % раствор, разведенный 70 % спиртом в соотношении 1:40, дважды с интервалом в 2 минуты. Для дезинфекции рук используется 0,5 % водно-спиртовой раствор. Перед обработкой руки следует промыть с мылом под проточной водой в течение 5 минут, используя щетку. Для стерилизации инструментов применяется водный раствор в течение 3-х часов при температуре 70 °С.
Для дезинфекции санитарного оборудования и помещений используется 0,1 % водный раствор.
При гинекологических заболеваниях: по 1 суппозиторию 2-4 раза в сутки. С целью профилактики заболеваний, передающихся половым путем, используется влагалищный суппозиторий не позднее 2-х часов после полового акта и 0,05 % раствор для спринцевания и обработки внутренних поверхностей бедер.