Со стороны желудочно-кишечного тракта: тошнота, рвота, диарея, отсутствие аппетита, неприятный металлический привкус во рту, эпигастральные боли, кишечная колика, запоры, сухость во рту, глоссит, стоматит, панкреатит;
Со стороны центральной нервной системы: при длительном применении - головная боль, головокружение, повышенная возбудимость, депрессии, нарушение сна, слабость; в отдельных случаях - спутанность сознания, галлюцинации, судороги, нарушения координации движений, атаксия, раздражительность, периферическая невропатия;
Со стороны мочеполовой системы: избыточное развитие грибковой флоры влагалища (кандидозы), цистит, полиурия, недержание мочи;
Со стороны костно-мышечного аппарата: артралгии;
Со стороны кроветворной системы: лейкопения;
Аллергические реакции: гиперемия кожи, зуд, крапивница, заложенность носа, лихорадка;
Местные реакции: тромбофлебит (боль, гиперемия или отечность в месте инъекции).
Прочие: нейтропения, уплощение зубца Т на ЭКГ.
Во время приема Метронидазола может наблюдаться красно-коричневое окрашивание мочи.