Усиливает действие диуретиков, ослабляет активность леводопы. Противосудорожные препараты, кортикостероиды, изониазид, пеницилламин, циклосерин, гидралазин, оральные контрацептивы, содержащие эстрогены ослабляют эффект пиридоксина.
Фармацевтически несовместим с витаминами В1 и В12, в порошке с аскорбиновой и никотиновой кислотами.
Хорошо комбинируется с сердечными гликозидами (синтез сократительных белков в миокарде), с глутаминовой кислотой и аспаркамом (повышается устойчивость к кислородной недостаточности).